2012年9月5日至9月7日，中质协质量保证中心审核组一行3人，通过座谈、查阅文件、现场观察、调阅资料和访问人员等方式，对中心质量体系最高管理层、项目一处、二处五处、六处、环评处、代建处、办公室、综合信息处的质量体系运行情况进行审核。

经过认真审核，审核组专家对中心在质量管理工作方面取得的成绩给予了较高的评价，认为中心管理体系有四大亮点：一是中心领导高度重视管理体系工作。中心高层主要领导，听取审核组意见和交流，走到各部门，部门领导亲自参与，积极主动与审核组沟通交流，并且沟通交流充分融洽；二是技术、管理团队积极进取、团结合作、充满朝气和活力；职工队伍言行规范、恪尽职守、凝聚力强。中心坚持以人为本，专家在审核中，深刻感受到技术、管理团队积极进取、团结合作、充满朝气和活力；职工队伍言行规范、恪尽职守、凝聚力强的特点。这支队伍为中心的发展、为中心总体战略的实现奠定了坚实的基础。企业的快速发展，为年轻技术、管理人员的成长和发展提供了一个良好的平台；三是培训工作卓有成效。中心各级领导对培训很重视，资源投入大，培训的策划和组织到位，内容丰富，且培训时间充足；四是管理基础扎实，经营绩效显著。一年来，中心各项工作均达到了既定目标，经营绩效显著，经营收入持续增长，出色完成了中心工程咨询单位资格重新认定。特别是在今年国际咨询工程师联合会FIDIC举办的百年工程项目奖的评选中，由综合信息处和项目三处完成的“袁隆平超级杂交稻良种产业化工程”项目，经过中国工程咨询协会严格的初审、复审，进入国内终审项目名单，获得了FIDIC百年工程项目奖提名奖并参与全球评选。据中咨协会领导介绍，综合性咨询单位此次入围的只有北京、上海和湖南三家，全国从几百个项目中评选进入终审的项目只有50多个。全国农业项目只保留了中心这一项。中心得到了中咨协会领导的重点表扬。专家组认为中心在国内名列前茅在国际有一定影响很不错。

此外，针对质量管理运行中存在的一些问题，专家组提出了整改建议：为了优化、提升管理体系运行的有效性，专家审核组向中心宣传了新版ISO9004:2009标准及卓越绩效评价准则国家标准。这套标准体现了大质量观和一体化的理念，建议中心应以ISO9000族尤其是新版ISO9004：2009标准及卓越绩效评价准则国家标准为依据性框架标准，重新审视自身现有的管理体系，从湖南省国际工程咨询中心实际经营管理活动出发，梳理、优化其管理/作业流程，全面深化构建、完善经营管理体系。

中心领导对审核组专家的意见和建议表示感谢，对ISO9001：2008质量体系在推动中心工作的作用表示了肯定，并要求中心各部门要从思想上高度重视质量管理，坚持在工作中严格执行体系文件，真正把质量管理落实到每一个工作环节，发现问题及时整改到位。